Прошло 500 лет с четвертой войны шиноби. Много людей тогда отдали свои жизни за благополучие своих родных и близких, а также деревни. Время шло, времена менялись и объявился фанатик Тоби, который собрал остатки армии Зетсу и развязал пятую войну. Его быстро подавили и надсмехались над ним, однако, последователь Тоби сделал свое дело. Страны, дабы защититься от таких случаев, стали активно наращивать военную мощь. Начались недомолвки, секреты, тайны и, в конечном счете, назревала холодная война. Одной стороной стали Конохагакуре, Сунагакуре и Амегакуре но Сато. Другой стороной конфликта стали Ивагакуре, Кумогакуре и Отогакуре но сато. Киригакуре и Тетсугакуре остались нейтральными и не ввязывались в разборки других деревень. Теперь, в руках молодых шиноби была судьба мира: либо разразиться новая война с ужасными последствиями, либо наконец-то мир шиноби обретет спокойствие.

p.s Сюжет будет дополняться за счет действий игроков.